Podatek VAT w jst po wejściu w życie KSeF: obieg i wystawianie faktur, aktualne problemy, przydatne rozwiązania

• Obowiązkowy Krajowy System e-Faktur, który od kwietnia 2026 r. obejmuje również jednostki samorządu terytorialnego oraz ich jednostki organizacyjne, w praktyce generuje szereg nowych obowiązków i problemów związanych z obiegiem dokumentów, rozliczeniami VAT oraz organizacją procesów wewnętrznych. Szczególne znaczenie mają kwestie prawidłowej identyfikacji nabywcy, obsługi faktur błędnych i zdublowanych, zasad wystawiania faktur korygujących oraz postępowania w przypadku dokumentów otrzymywanych poza KSeF. Jednocześnie bieżące orzecznictwo TSUE i NSA istotnie wpływa na sposób rozliczania podatku VAT przez jst, w tym na moment odliczenia podatku naliczonego, korekty wieloletnie oraz rozliczenia realizowane w ramach porozumień międzygminnych.
• Szkolenie zostało przygotowane z uwzględnieniem aktualnych problemów praktycznych zgłaszanych przez gminy, powiaty i ich jednostki organizacyjne oraz najnowszych zmian interpretacyjnych i orzeczniczych, w oparciu o bogate doświadczenie trenerki, która od lat współpracuje z jst.
• Celem spotkania jest przekazanie uczestnikom praktycznych rozwiązań umożliwiających prawidłowe funkcjonowanie jst w warunkach obowiązkowego KSeF oraz ograniczenie ryzyk podatkowych i organizacyjnych w zakresie rozliczeń VAT.

• Przygotowanie uczestników do stosowania przepisów dotyczących fakturowania VAT w warunkach obowiązkowego KSeF, z uwzględnieniem specyfiki jednostek sektora finansów publicznych oraz aktualnego stanu prawnego.
• Kompleksowe przedstawienie praktycznych aspektów funkcjonowania obowiązkowego KSeF w jst po jego wdrożeniu od kwietnia 2026 r., ze szczególnym uwzględnieniem problemów związanych z obiegiem i weryfikacją faktur zakupowych oraz zasad wystawiania faktur korygujących.
• Poznanie rekomendacji dotyczących procedur postępowania w przypadku faktur błędnych, zdublowanych, wystawionych na jednostki organizacyjne lub otrzymanych poza KSeF, a także zasad organizacji obiegu dokumentów pomiędzy urzędem/starostwem a jednostkami podległymi.
• Analiza aktualnych problemów VAT w jst, w tym skutków zmiany przeznaczenia inwestycji, rozliczeń rekompensat, porozumień międzygminnych oraz najnowszego orzecznictwa TSUE i NSA wpływającego na prawo do odliczenia podatku naliczonego.
• Istotnym elementem będzie omówienie praktycznych konsekwencji wyroku TSUE z 11 lutego 2026 r. w sprawie T-689/24, podważającego dotychczasową zasadę odliczania VAT nie wcześniej niż w okresie otrzymania faktury.
• Nabycie umiejętności prawidłowego dokumentowania zdarzeń gospodarczych, od właściwego doboru dokumentów (faktura, nota, rachunek, proforma), po jego poprawne procedowanie w systemie KSeF.
• Prawidłowe ustalanie obowiązku podatkowego oraz zasad odliczenia podatku VAT, w tym wpływu KSeF, w oparciu o orzecznictwo TSUE oraz aktualne interpretacje organów podatkowych.
• Możliwość konsultacji podczas zajęć kwestii problemowych i uzyskania odpowiedzi na pytania nurtujące uczestników zajęć.

1. KSEF  po wejściu w życie w kwietniu 2026 r.– omówienie aktualnych problemów:
• Faktury otrzymywane od dostawców: omówienie problemów: 
− kilkukrotne otrzymanie tego samego dokumentu, 
− dwie faktury dokumentujące jedną transakcję, 
− faktura wystawiona na  jednostkę organizacyjną zamiast na gminę lub powiat,
− błędy w nieobowiązkowych polach faktury.
• Faktura korygująca – kiedy istnieje obowiązek jej wystawienia? W jaki sposób wystawiamy fakturę korygująca za pośrednictwem KSeF?
• Jakie dokumenty nie są przesyłane do KSeF?
• Co zrobić w przypadku otrzymania faktury poza KSeF?
• Paragon z NIP w 2026 i 2027 roku.
2. Obieg wewnętrzny dokumentów na potrzeby KSeF?
• Czy zawsze system przekazuje faktury do jednostek organizacyjnych na takich samych zasadach? Znaczenie roli Podmiotu 3 w treści faktury.
• Metody przekazywania faktur z urzędu/starostwa do jednostek? Problemy praktyczne.
• Faktury omyłkowo wystawione na gminę lub powiat – schemat postępowania.
• Zgłaszanie faktur scamowych.
• Procedury wewnętrzne w zakresie KSeF.
3. Aktualne problemy VAT w jst:
• Zmiana przeznaczenia inwestycji w gminie – korekta VAT.
• Czy spółka komunalna jest podatnikiem VAT? Przełomowe orzeczenie NSA.
• Termin odliczenia podatku VAT – przełomowy wyrok TSUE.
• Rekompensaty za usługi transportu publicznego – wyrok TSUE.
• VAT w porozumieniach międzygminnych.
4. Rewolucyjny wyrok z dnia 11 lutego 2026 r. w sprawie T 689/24 Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, w którym Trybunał zakwestionował obowiązującą w Polsce od ponad 30 lat zasadę odliczenia podatku najwcześniej w miesiącu otrzymania faktury! 
5. Dyskusja, odpowiedzi na pytania.
 

Skarbnicy, główni księgowi i księgowi jednostek sektora finansów publicznych, wszystkie osoby, zajmujące się wystawianiem faktur w jednostkach administracji publicznej, w szczególności w jst i jednostkach podległych.

Prawnik, absolwentka Uniwersytetu Jagiellońskiego, z kilkunastoletnim doświadczeniem pracy w ogólnopolskich spółkach doradztwa podatkowego, trener publikujący w ogólnopolskich czasopismach i eksperckich portalach internetowych. Od października 2014 r. członek Krajowej Izby Doradców Podatkowych, z nadanymi uprawnieniami zawodowymi doradcy podatkowego, specjalizujący się w zakresie podatku VAT, PIT, podatku od nieruchomości i postępowań podatkowych.